Žvalgybos institucijų parlamentinę kontrolę Seimo statuto nustatyta tvarka atlieka Seimo Nacionalinio saugumo ir gynybos komitetas. Jis kontroliuoja, kaip žvalgybos institucijos ir žvalgybos pareigūnai, vykdydami žvalgybos veiklą, laikosi įstatymų ir kitų teisės aktų; rengia siūlymus dėl teisės aktų, susijusių su žvalgybos institucijų veikla ir žmogaus teisių apsauga vykdant žvalgybą ir kontržvalgybą, tobulinimo; nagrinėja asmenų skundus dėl žvalgybos institucijų ir žvalgybos pareigūnų veiksmų; sprendžia kitus parlamentinės kontrolės klausimus.

Valstybės gynimo tarnyba, koordinuojanti žvalgybos institucijų veiklą bei Lietuvos Respublikos Vyriausybė (toliau – Vyriausybė) atlieka vykdomosios žvalgybos institucijų priežiūros rūšies kontrolę. Vyriausybė žvalgybos institucijų kontrolę atlieka pagal Valstybės gynimo tarybos patvirtintus žvalgybos informacijos poreikius ir prioritetus, teikia žvalgybos institucijoms žvalgybos informacijos poreikius, būtinus valstybės saugumui užtikrinti, iš žvalgybos institucijų gauna informaciją apie rizikos veiksnius, pavojus ir grėsmes nacionaliniam saugumui.

Teismai atlieka teisminę teisėtumo kontrolę sankcionuodami arba atsisakydami sankcionuoti žvalgybos institucijų veiksmus pagal Žvalgybos įstatymo 13 straipsnio nuostatas. Valstybės kontrolė vykdo žvalgybos institucijų finansinę veiklos kontrolę.

Žvalgybos institucijų nepriklausomą išorės ekspertinę kontrolę Žvalgybos kontrolierių įstatymo nustatyta tvarka atlieka žvalgybos kontrolieriai. Jie atlieka žvalgybos institucijų veiklos teisėtumo priežiūrą ir atitikties žmogaus teisių ir laisvių apsaugos reikalavimams vertinimą, tiria asmenų skundus dėl žvalgybos institucijų ar žvalgybos pareigūnų veiksmų, pažeidžiančių žmogaus teises ir laisves, vykdant žvalgybą ir kontržvalgybą.

Siekiant užtikrinti žvalgybos institucijų veiklos teisėtumą, ekonomiškumą, efektyvumą, rezultatyvumą ir skaidrumą, žvalgybos institucijos vadovai Žvalgybos įstatymu yra įpareigoti organizuoti žvalgybos institucijos vidaus kontrolę vadovaujamose institucijose.